Ржавчина распространена во всех льносеющих районах. Поражаются листья, стебли и коробочки, при этом заболевание проявляется в трех формах: ранней весной на всходах (подсемядольном колене), семядолях, стебельке и молодых настоящих листочках обнаруживаются в небольших количествах желтовато-коричневые пятнышки и лимонно-желтые пустулы; в период бутонизации и цветения на листьях, стеблях и чашелистиках появляются мелкие, выпуклые ржаво-оранжевые пустулы; после цветения и старения тканей на стеблях, плодоножках и коробочках под эпидермисом образуются продолговатые, плотные, черные с глянцевым оттенком блестящие коростинки.

Для развития летней урединиостадии наиболее благоприятны температура 18-22°C и высокая относительная влажность воздуха. За период вегетации растений гриб может дать четыре-пять поколений урединий с урединиоспорами.

В начале желтой спелости льна при высокой влажности и среднесуточной температуре воздуха 11-14,5°C на стеблях, листьях, плодоножках и семенных коробочках образуются телиопустулы с телиоспорами. Телиопустулы черные с глянцевым оттенком, плотные, скрыты под эпидермисом в виде коростинок, состоящих из одноклеточных телиоспор, сросшихся между собой.

Зимует гриб на остатках растений в виде телиоспор. Ранней весной они прорастают и образуют базидии с базидиоспорами, которые и заражают растения.

Вредоносность ржавчины заключается в ухудшении качества волокна. Коростинки телиоспор, образующиеся на стеблях, плохо отделяются от древесины, вследствие чего значительно снижается качество волокна. При сильном поражении растений урожай семян льна снижается на 8-10%.